Le 23 novembre 2016, Jean-Marc Ayrault, ministre des Affaires étrangères et du Développement international (MAEDI), et Najat Vallaud-Belkacem, ministre de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MENESR), ont coprésidé une réunion consacrée à l’enseignement français à l’étranger.
Le 5 septembre 2016, Christophe Bouchard, directeur de l’AEFE, et Jean-Christophe Deberre, directeur général de la Mission laïque française (Mlf), ont adressé une lettre aux chefs d’établissement du réseau scolaire à l’étranger, les appelant à la mise en œuvre de parcours scolaires adaptés aux élèves à besoins éducatifs particuliers. Cette initiative en faveur d’une école inclusive est complétée par la diffusion d’une note d’information à destination des parents concernés.
Christophe Bouchard, directeur de l'AEFE, adresse son message de rentrée aux communautés scolaires des établissements d'enseignement français à l'étranger.
Au Quai d’Orsay le 29 juin 2016, où il recevait la promotion 2011-2016 des boursiers Excellence-Major, le ministre des Affaires étrangères et du Développement international a signé, avec le directeur de l’Agence et la présidente de son conseil d’administration, le contrat d'objectifs et de moyens de l'AEFE pour la période 2016-2018.